布袋除塵器在長時間停止運行時，注意的是除塵布袋室內的濕氣和風機軸承。除塵布袋室內的濕氣凝結是含濕氣體特別是燃燒產生的氣體冷卻所引起的，因此要在系統冷卻之前，把含濕氣體排除換置干燥的空氣，防止除塵布袋和除塵本體的損壞和腐蝕。在寒冷地區，由于除塵設備周圍環境溫度的降低，也會產生除塵設備本體凝結現象，為了防止上述現象的產生，采取在完全排除系統中的含濕氣體后，將箱體密封。冷卻水等的凍結可能引起較大事故的出現，所以將冷卻水源關閉并排空。
另一方面，在長時間停止運行時，要充分注意風機的清掃、防銹等工作，特別要防止粉塵和雨水等進入軸承，也要注意電動機的防潮。管道和灰斗堆積的粉塵要清掃，清灰機構與驅動部分要添加油，如果是長時間停止運行，應取出布袋放在倉庫中保管。考慮到以上幾個方面，在停運期間內，定期進行短時間的穩定運行（空運行）是較好的預防辦法。