鍋爐上使用的脈沖袋式除塵器即使設計、制造的再好，但是如果運行方法不恰當，也會造成嚴重的后果。在運行方面，除塵器的啟動和停機時兩個非常重要的環節。有很多除塵布袋過早破損的原因就是啟動和停機的方法不對。新裝的或者已經很長時間停止運行的除塵器在啟動時，濾料會處在酸露點以下，從而會受到冷凝物的危害，容易形成性的堵塞。因此，采取措施盡可能的保護濾料，直到達穩定的運行溫度是很重要的。布袋除塵器停機時，如果停機時間短，不應當為除塵布袋清灰，并注意除塵器保溫。如果停機時間長，應當為所有除塵布袋清灰，必需利用引風機和鼓風機把袋式除塵器內殘留的酸性氣體清楚。
在布袋除塵器運行期間應經常檢查除塵器的壓差，因為系統壓差是除塵器總性能的佳標志，而各個分室的壓差則是相應的除塵布袋狀況的佳標志。壓力降如果突然增大或減少就可能意味著布袋堵塞、布袋有漏洞、閥門不動作、清灰系統不正常或灰斗過滿。這時就立即行動，隔離該分室并解決問題，以防布袋破損。為保持除塵器長期良好的運行，做好日常維護工作是很重要的。因此，應對壓差、脈沖閥、輸灰系統、灰斗振動器和閥門的運行情況，閥門控制器、電磁閥、限位開關、風機、馬達和以表的運行是否良好等做定期檢查。此外，還應注意檢查是否有粉塵堆積在花板的潔凈側、布袋狀況、會斗中灰的積聚、灰斗加熱器的性能，提升閥的密封等情況。
只要從設計、制造、安裝、控制及日常運行維護等方面都加以注意，應用除塵器在燃煤鍋爐上是能獲得成功的。